复旦大学科技考古研究院古基因组学实验室以复旦大学科技考古研究院生物考古平台和复旦大学人类学教育部重点实验室为基础，于2020年8月开始建立，2021年正式投入运行。实验室通过提取、分析人类和动物骨骼的遗传信息，揭示人群间和个体间的体质、生理、病理等差异及其形成机制，为疾病的发生和预防研究提供线索、为解决相关考古学问题提供方法和工具。

古基因组学实验室长期承担着国家重要的科研项目及国际合作项目，目前承担国家社会科学基金重大项目1项，国家重点研发计划“重大自然灾害监测预警与防范”重点专项1项，国家自然科学基金面上项目1项，欧洲研究委员会(ERC)“欧洲地平线”项目1项，国家社科基金冷门“绝学”和国别史等研究专项，宁夏自治区重点研发计划项目1项，复旦大学人文社科青年融合创新团队项目1项，以及与各省市考古所、博物馆合作的横向项目十余项。

古基因组学实验室现有科研人员十余人，以青年骨干为主体，是一个具有很强创新能力的研究团队。团队文理结合，融合了复旦大学考古学、人类学、遗传学、历史学等特色优势学科，跨学科交流性强，为学科的交流融合提供了扎实的基础。